Основним напрямком інноваційної діяльності є впровадження експерименту з безперервної освіти, який здійснюється Народною українською академією з 1997 року. В рамках експерименту відпрацьовуються концептуальні засади та створюється модель безперервної інноваційної гуманітарної освіти та виховання.

Інноваційною, унікальною за своєю структурою та функціональним характеристикам є сама Народна українська академія – єдиний в Україні навчально-науковий комплекс, в якому здійснюється повний цикл безперервної освіти, від груп «Зернышки», в яких спеціалісти-психологи, логопеди, музичні керівники і викладачі фізичної культури працюють з дітьми від 1,5 до 3-х річного віку, до груп «50+» та «70+» років, де люди «третього віку» отримують ті освітні послуги, які їх цікавлять.


Інноваційним є співробітництво з університетом Толедо (США) по створенню на базі НУА освітнього центра з підготовки менеджерів бізнес-адміністрування (МВА).


Розробка концепції та програми гуманітарної політики у Харківському регіоні (за дорученням Харківської обласної державної адміністрації і обласної Ради).
Розробка концепції виховної роботи в ВНЗ Харківського регіону (затверджена регіональною Радою ректорів у 2010 році).


Робота експериментального комплексу забезпечується відповідними інноваційними структурами (наприклад, інтегровані кафедри) та інноваційною навчально-методичною базою (наприклад, інтегровані навчальні програми з кола навчальних дисциплін (математика, історія, іноземна мова, економіка, право тощо), загальні концепції наукової та виховної роботи у експериментальному комплексі) тощо.